Samsun Bölgesinde Tüketime Sunulan Balıklarda Beta-laktamaz Dirençli Escherichia Coli'nin Fenotipik ve Genotipik Yöntemlerle Belirlenmesi

Abstract

Samsun bölgesinde 2024-2025 yıllarında tüketime sunulan 56 adet kültür balıklardan Harlequin® E. coli/Coliform Agar selektif besiyerinde izole edilen ve MALDI-TOFF-MS ile doğrulanan toplam 34 adet E. coli izolatı materyal olarak kullanıldı. İzolatlar 11 antibiyotik grubundan 22 adet antibiyotiğe karşı analiz edildi. Yedi farklı gruptan 11 antibiyotiğe karşı %50,00- %5,88 oranında direnç saptandı. En yüksek dirençliliğin penislin grubu antibiyotiklere [SAM (%50,00), AM (%47,05), AMC'ye (%32,35)], bu grubu karbapenem [ETP (%11,76)], tetrasiklin [(%11,76)], kinolon [%5,88], florokinolon [CIP (%5,88), LEV'e (%5,88)] grubu ile sefalosporin [2'si FEP'e (%5,88)], amfenikol [2'si C'ye (%5,88)] ve fosfomisin [2'si FF (%5,88)] grupları takip etti. İzolatlar Çoklu antibiyotik dirençliliği (ÇAD) yönünden değerlendirildiğinde; 34 izolattan 4 (%11,76)'ünün ÇAD olduğu ve 3-8 farklı antibiyotiğe ve penisilin, sefalosporin, tetrasiklin, kinolon, florokinolon, amfenikol grubuna karşı dirençli olduğu saptandı. İzolatlar GSBL-E. coli yönünden çift disk difüzyon testi ile fenotipik olarak saptanamazken, 3 bla genlerinden blaTEM %91,18, blaSHV %58,82 ve blaCTX-M ise %23,53 oranlarında saptandı. Karbapenem dirençliliği fenotipik ve genotipik olarak saptandı. Bu çerçevede, blaNDM, VIM, KPC, IMP ve OXA-48 olmak üzere toplam 5 gen varlığı araştırıldı: NDM ve KPC gen varlıkları saptanamazken, IMP 5 (%14,71), OXA-48 ve VIM genleri 4'er (%11,76) izolatta saptandı. Toplamda ise 5 karbapenemaz üretiminden sorumlu genlerden en az biri 13 (%38,23) E. coli izolatında saptandı. Antibiyogramda izolatların IMP ve ETP'ye karşı duyarlı olduğu, 4 (%11,76) izolatın ise MEM'e karşı dirençli bulunurken MİK testinde bir (%2,94), MHT testinde 4 (%11,8) izolat karbapenem dirençli idi. İzolatların AMP-C ß-laktamaz genlerinden toplam 6 farklı gen grubu da araştırıldı ve sadece iki izolatta hem LAT-1'den LAT-4'e kadar, CMY-2'den CMY-7'ye kadar (n=2, %5,88), BIL-1 ile DHA-1 ve DHA-2 (n=2, %5,88) genleri saptandı. Her iki izolat aynı zamanda blaTEM genini de taşıması nedeniyle GSBL ve AMP-C-E. coli oluşları tehlikenin boyutunu artırmaktadır. Ayrıca, filogenetik gruplandırmada B23, A1, Ao ve D2 filogrupları sırasıyla 25 (%73,53), 5 (%14,71), 2 (%5,88) ve 1(1, %2,94) izolatta belirlendi. İzolatlar Sanger dizi analiz sonuçları ile de doğrulandı.A total 34 E. coli isolates isolated on Harlequin® E. coli/Coliform Agar and confirmed by MALDI-TOFF-MS from 56 cultured fish, Samsun region in 2024-2025 were used as material. The isolates were analyzed against 22 antibiotics from 11 antibiotic groups. Resistance rates of 50.00% - 5.88% were found against 11 antibiotics from seven different groups. The highest resistance was penicillin [SAM (50.00%), AM (47.05%), AMC (32.35%], followed by carbapenem [ETP (11.76%)], tetracycline [11.76%], quinolone [5.88%, fluoroquinolone [CIP (5.88%), LEV (5.88%)], cephalosporin [FEP (5.88%)], amphenicol [2(5.88%)] and fosfomycin [5.88%)] groups followed. When the isolates were evaluated in terms of MDR, 11.76% of 34 isolates were found MDR and resistant to 3-8 different antibiotics and penicillin, cephalosporin, tetracycline, quinolone, fluoroquinolone, and amphenicol group. While the isolates could not be phenotypically detected by DDDT as ESBL-E. coli, blaTEM, blaSHV and blaCTM were detected at 91.18%, 58.82% and 23.53% rates, respectively. Carbapenem resistance was detected phenotypically and genotypically. In this framework, a total of 5 genes, namely NDM, VIM, KPC, IMP and OXA-48, were investigated: in contrast to NDM and KPC, IMP was detected in 5 (14.71%), OXA-48 and VIM genes were detected in 4 (11.76%) isolates. In total, at least one of the 5 carbapenemase production genes was detected in 13 (38.23%) isolates. In the antibiogram, the isolates were susceptible to IMP and ETP, 4 (11.76%) isolates were resistant to MEM, 2.94% of the isolates were carbapenem resistant in MIC and 11.8% of the isolates were carbapenem resistant in MHT test. A total of 6 different genes were also investigated as AMP-C ß-lactamase; only two isolates had both LAT-1 to LAT-4, CMY-2 to CMY-7 (n=2, 5.88%), BIL-1 and DHA-1 and DHA-2 (n=2, 5.88%) genes. Since both isolates also carried the blaTEM gene, their ESBL and AMP-C-E. coli status increases the extent of the danger. In the phylogenetic classification, the isolates were distributed as follows: B23 (n=25,73.53%), A1 (n=5; 14.71%), Ao (n=2; 5,88%) isolates), and D2 (n=1; %2.94) isolate, belonging to phylogenetic group D). The classification of the isolates was further confirmed by Sanger sequencing analysis.